功能性食品原料對健康的影響通常是由于它們所含的生物活性化合物。不同的化合物可以在體內發揮特定的作用，但最常見的是共同作用來改變體內的一種或多種生理過程。為了從不同食物所含的不同化合物中獲得健康益處，盡可能完整地食用食物是很重要的。例如，全谷物含有谷物的麩皮、胚芽和胚乳。全谷物含有膳食纖維，B族維生素，包括葉酸、煙酸、硫胺素和核黃素，以及微量礦物質，如鐵、鎂和鋅。
這些特殊的營養物質存在于谷物或麩皮的外層，作為內部胚乳和胚乳的保護殼。胚芽含有植物化學物質，如多酚和木酚素、維生素E和維生素B。胚乳提供碳水化合物、蛋白質和能量。一些流行病學研究表明，大量攝入全谷物與降低2型糖尿病、冠心病、中風、肥胖和全因死亡率的風險有關。還報道了降低癌癥，特別是結直腸癌的風險。事實上，根據美國癌癥研究所的研究，每天食用90克全谷物食品(約3份)已被證明可以降低17%患結腸直腸癌的風險。這些影響歸因于全谷物食品所提供的生物活性化合物的組合。據認為，全谷物食品可以通過減少慢性炎癥和氧化應激、預防胰島素抵抗、降低膽固醇水平和改善胃腸道健康來降低癌癥、心臟病和糖尿病的風險。總的來說，證據表明，食用粗糧不僅能滿足基本營養需求，還能促進健康和預防疾病，因此被認為是一種功能食品。
功能性食品原料的其他例子，它們的生物活性成分，以及相關的健康益處如表3所示。值得注意的是，盡管食物中生物活性化合物的存在很重要，但它們的消化、吸收和代謝也是影響其健康效果的關鍵因素。對消化、吸收和代謝的潛在影響包括伴隨的食物、飲料和/或消耗的營養物質、口腔和腸道微生物群、消耗的數量、消耗的持續時間以及個人的健康狀況(例如疾病、遺傳和年齡)。此外，食品生產鏈中的因素，如食品的加工和分銷，也會影響食用時食品中生物活性化合物的含量和類型。
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